教員

生物情報学の技術を使って植物を取りまく生態現象を解きほぐす研究を行っています。野外における生物の環境応答や生物間の相互作用は量的な変異をともなった複雑な形質です。取り扱いのむずかしい生態現象にオミクス科学を応用することで、現象の背後にある遺伝的基盤を定量的に理解することを目指しています。特に最近は次の3つのテーマに興味を持って研究を進めています。
(1) 植物の個体間相互作用に関する量的遺伝学
(2) 植物防御の進化生態学
(3) 生態学・進化生物学・遺伝学におけるデータ解析
他にも植物を中心とした生物間相互作用に関する研究でしたら色々歓迎です。

モデル植物シロイヌナズナの野生系統を用いた野外実験の様子。1区画に200遺伝子型が配置されている。

野外に移植したシロイヌナズナが昆虫から食害を受ける様子。

参考文献

Spatial heterogeneity of disease infection attributable to neighbor genotypic identity in barley cultivars. I. Akram, R. Lohr, K.K. Shimizu, R. Shimizu-Inatsugi, Y. Sato, in silico Plants, 2026, 8, diaf023.　https://doi.org/10.1093/insilicoplants/diaf023

Reducing herbivory in mixed planting by genomic prediction of neighbor effects in the field. Y. Sato, R. Shimizu-Inatsugi, K. Takeda, A.J. Nagano, and K.K. Shimizu, Nature Communications, 2024, 15, 8467.　https://doi.org/10.1038/s41467-024-52374-7

Detecting frequency-dependent selection through the effects of genotype similarity on fitness components. Y. Sato, Y. Takahashi, C. Xu, and K.K. Shimizu, Evolution, 2023, 77, 1145–1157.　https://doi.org/10.1093/evolut/qpad028

Neighbor GWAS: incorporating neighbor genotypic identity into genome-wide association studies of field herbivory. Y. Sato, E. Yamamoto, K.K. Shimizu, and A.J. Nagano, Heredity, 2021, 126, 597–614.　https://doi.org/10.1038/s41437-020-00401-w

植物の超階層生物学. 種生物学会編（責任編集：佐藤安弘・村中智明）, 文一総合出版, 2023, ISBN 978-4-8299-6210-7