1876年（明治9年）に発足した札幌農学校は、東北帝国大学農科大学として帝国大学の仲間入りをした後、1918年に北海道帝国大学農科大学となりました。1930年に理学部が開設されると動物学科、植物学科が設置され、翌年には付属臨海実験所も設置されました。動物学科と植物学科は1949年（昭和24年）に統合され生物学科となります。その後、改租や再編を経て2011年（平成23年）より理学部は現在の5学科6学科目体制となりました。生物科学科（生物学）は日本の大学の中でも最も歴史の長い生物学科のひとつとして、設置以来、重要な研究成果を発信し続けています。
